Po 24 latach zakończyła się współpraca Comarchu z piłkarską Cracovią. Umowa sponsorska wygasła 30 czerwca, a od 1 lipca klub oficjalnie funkcjonuje już bez wieloletniego sponsora głównego.
Comarch rozpoczął współpracę z Cracovią 11 lipca 2002 roku. Pierwsza umowa została zawarta na rok i obejmowała wsparcie sekcji piłkarskiej oraz hokejowej. W tamtym czasie klub występował na trzecim poziomie rozgrywkowym i zmagał się z problemami finansowymi oraz organizacyjnymi.
W kolejnych miesiącach firma zaczęła obejmować udziały w spółce MKS Cracovia SSA. W styczniu 2003 roku podpisano list intencyjny dotyczący przejęcia 28 procent udziałów. W 2004 roku Comarch posiadał już 49 procent akcji, a prezes firmy, prof. Janusz Filipiak, objął stanowisko prezesa Cracovii. W grudniu 2011 roku akcjonariusze zgodzili się na zwiększenie udziałów do poziomu większościowego. W następnych latach Comarch pozostawał właścicielem pakietu kontrolnego klubu.
W okresie współpracy Cracovia wróciła do najwyższej klasy rozgrywkowej. Zespół prowadzony przez Wojciecha Stawowego wywalczył dwa kolejne awanse i w 2004 roku ponownie zagrał w Ekstraklasie. Po spadku w sezonie 2011/2012 klub wrócił do elity już rok później. Największym sukcesem sportowym piłkarskiej Cracovii w czasie współpracy z Comarchem było zdobycie Pucharu Polski w 2020 roku. Kilka miesięcy później krakowski klub wywalczył również Superpuchar Polski. W tym okresie Cracovia czterokrotnie wystąpiła także w europejskich rozgrywkach, biorąc udział w Pucharze Intertoto oraz eliminacjach Ligi Europy.
W czasie współpracy rozwijała się również infrastruktura klubu. W 2010 roku przy ulicy Kałuży oddano do użytku nowy stadion wybudowany przez Miasto Kraków. Obiekt może pomieścić około 15 tysięcy widzów, a jego operatorem została Cracovia. W 2021 roku otwarto Cracovia Training Center w Rącznej. Centrum obejmuje boiska treningowe, halę sportową, zaplecze dla pierwszej drużyny oraz akademii i jest wykorzystywane podczas treningów oraz zgrupowań.
Po śmierci prof. Janusza Filipiaka w grudniu 2023 roku rozpoczął się proces zmian właścicielskich. W sierpniu 2025 roku większościowy pakiet akcji piłkarskiej Cracovii przejęła spółka MRKT Poland należąca do amerykańskiego inwestora polskiego pochodzenia Roberta Platka. Pozostałe akcje zachowała Elżbieta Filipiak.
Na początku 2026 roku Elżbieta Filipiak przez krótki czas pełniła funkcję prezes Cracovii. W lutym zrezygnowała ze stanowiska. W kolejnych miesiącach trwało oddzielanie działalności piłkarskiej od Comarchu, a wygasająca z końcem czerwca umowa sponsorska nie została przedłużona.
Od nowego sezonu logo Comarchu zniknie z koszulek pierwszej drużyny oraz materiałów promocyjnych klubu. Zmienione zostaną również oznaczenia sponsorskie na stadionie przy ulicy Kałuży. Cracovia nie poinformowała jeszcze, kto zostanie nowym sponsorem głównym zespołu. Zmiany nie dotyczą sekcji hokejowej. Od 2025 roku funkcjonuje ona jako odrębny podmiot i nadal współpracuje z Comarchem na podstawie osobnej umowy sponsorskiej. Drużyna nadal występuje pod nazwą Comarch Cracovia.
